L’intestino è l’ultima parte del nostro apparato gastrointestinale, ma il primo e più importante agente del nostro sistema immunitario. Distinto in tenue e crasso, è un tubo molto flessibile e ripiegato su se stesso. La porzione mesenteriale del tenue è internamente rivestita di villi, intestinali, strutture ripiegate ed estroflesse, con grande superficie di assorbimento. Sui villi, osservati al microscopio, si vedono altre strutture simili a estroflessioni, che sono i microvilli.
I villi sono costituiti dagli enterociti, cellule epiteliali altamente specializzate per assorbire tutte le sostanze utili al metabolismo. Essi consentono di aumentare la superficie di assorbimento fino a 600 volte, rispetto a un normale epitelio liscio. I villi intestinali sono strutture analoghe alle radici delle piante.
Tuttavia nel lume intestinale vi sono anche altre cellule, quelle del microbiota. In tutto l’apparato digerente, come anche in altre parti del corpo, ci sono batteri (gastrici, degli organi genitali, della bocca…) che instaurano con l’uomo una forma di mutualismo, una cooperazione dalla quale entrambe le specie traggono vantaggio.